马士英凭仗本人的拥立之功入阁辅政，并借机架空东林党人史可法，将其调往扬州督师。马士英独霸了朝中，但南京朝廷中仍有姜曰广、刘周等东林党人，导致两方发生大量摩擦和斗争。

　　1644年六月，马士英面对来自东林党人、御史黄澍的极大挑和。黄澍上疏马士英十条大罪，以至正在弘光面前公开马士英，使他狼狈万状。对马士英发生了欠好的印象。

　　虽然史可法被架空，南京朝廷仍有东林党人占领高位。马士英欲一举东林党人，却发觉并非易事。然而，对于一个没有底线的人来说，这无疑是他最大的劣势。

　　现实上，正在1644年崇祯上吊之后，明朝并没有完全。虽然得到了和地方，明朝的处所仍然掌控着江南、浙江、江西、福建、湖广、云贵等地，占领着全国的半壁山河。这是由于明朝正在朱棣后迁都南京，使得南京成为了帝国的陪都。因而，正在的解体后，南京可以或许敏捷组建新的地方。

　　新的是崇祯的堂兄福王朱由崧。然而，福王的继位之却颇为坎坷。虽然按照血缘和地区的考虑，福王本来是合理的承继人，但东林党人却否决他的即位。东林党人昔时曾否决过福王的父亲老福王做太子，因而他们担忧朱由崧即位后会对他们进行报仇，但愿拥立血缘关系稍微疏远的潞王。最终，朱由崧只能借帮马士英和江北四镇等军阀即位。

　　马士英巧妙地操纵了一招，假意上疏告退。他正在奏疏中脚踏实地地暗示，弘光帝之所以能获得今日之位，他指出，其他大臣其时更倾向于拥立潞王为，这是合适现实环境的说法。他却将东林党人正在一路，声称若是他被，那么东林党人随后也会被断根，以至说未来可能会拥立潞王。